Vacas e porcos:
O esterco bovino e o esterco de porco são ricos em energia e muitas vezes podem ser utilizados, sem complicações, para a produção de biogás. Depois do processo de fermentação para geração de energia, o substrato restante pode ser reutilizado como um ótimo fertilizante natural de cheiro neutro. Dependendo da situação do estábulo, tanto o esterco líquido, como o sólido (esterco bovino), podem ser utilizados como substrato. O esterco bovino e o esterco de porco, também são utilizados como co-substrato, quando o substrato é composto por resíduos sólidos.

Galinhas:
O estrume de galinhas e frangos, possuem um grande potencial energético e podem, assim, cobrir o consumo necessário de energia e calor utilizados nos viveiros. Dependendo do cuidado e da alimentação, o teor de matéria seca no excremento das galinhas e frangos pode variar, influenciando diretamente na dimensão da usina de biogás, sendo necessário uma projeção individualizada para o tipo de substrato.  

Resto de produção de alimento:
O Brasil é um dos maiores produtores de alimento do mundo. Nas diferentes etapas de cultivo e processamento do alimento muitos resíduos, considerados ótimos para a produção de biogás, são gerados. Os resíduos possuem geralmente em torno de 10-50% de teor de material seca e são, devido ou tipo de processo, bem homogêneos, podendo ser facilmente integrados na mistura do substrato. Desta forma, vários projetos para diversos setores (supermercados, cervejarias, produtoras de vinha e etc.) foram realizados, devido ou grande conhecimento que se tem do substrato.

Milho, Sorgo:
Nas regiões agrônomas do Brasil, devido a qualidade do solo e sua fertilidade, o substrato pode ser adquirido, muitas vezes, a um custo de produção muito baixo. Isso favorece ao produtor um ótimo rendimento de produção de energia, sem muito esforço. Como exemplo: O cultivo de milho após a colheita de soja. Dependendo da estrutura e complexidade, o produtor pode utilizar a energia em forma de calor, eletricidade, ou mesmo, em forma de gás, tanto para si mesmo, quanto para o mercado de energia